Após a derrota de Shinnok, Dark Raiden planeja proteger Earthrealm destruindo todos os seus inimigos e fazendo um exemplo de Shinnok, decapitando-o. Este último ato inspira Kronika, o guardião do tempo, a reescrever a história para desfazer a interferência de Raiden e apagá-lo da existência.
Dois anos depois, uma equipe de ataque das Forças Especiais liderada por Sonya Blade, Cassie Cage e Jacqui Briggs ataca o Netherrealm, com Raiden fornecendo assistência.
A equipe consegue destruir o castelo Netherrealm, ao custo da vida de Sonya. Kronika forma uma aliança com os revenants e os governantes de Netherrealm, Liu Kang e Kitana, imediatamente depois.